Šiluminis ciklas: Šiluminis dviratis yra pagrindinis PGR analizatoriaus komponentas, naudojamas kontroliuoti reakcijos fermento ir tikslinio mėginio ciklinę reakciją skirtingose temperatūrose. Šiluminis dviratis gali pasiekti greitą temperatūros pokytį per „Peltier“ elementus ar kitas technologijas ir išlaikyti tam tikrą temperatūrą kiekviename cikle. Šiluminis dviratis paprastai apima vieną ar daugiau reakcijos modulių, kurių kiekvienas gali savarankiškai valdyti temperatūrą ir laiką, kad būtų galima tuo pat metu aptikti kelis mėginius.
Optinė sistema: optinė sistema naudojama aptikti ir išmatuoti fluorescencinį signalą, kurį sukuria PGR reakcija. Optinė sistema gali nustatyti taikinio buvimą ir kiekį, jaudindama fluorescencinį žymeklį (pvz., FAM, hex ar Rox) ir aptikti jo fluorescencijos intensyvumą. Optinėje sistemoje paprastai yra vienas ar daugiau sužadinimo šviesos šaltinių, tokių kaip LED ar lazeriniai žibintai, ir fluorescencinio detektoriaus, tokio kaip PMT (fotomultiplier vamzdis) arba CCD (elektroninio vaizdo lustas).
Programinės įrangos sistema: Programinės įrangos sistema naudojama PGR analizatoriaus operacijai ir duomenų analizei valdyti. Paprastai PGR analizatoriaus programinės įrangos sistema gali nustatyti reakcijos sąlygas, stebėti reakcijos eigą, įrašyti reakcijos duomenis ir išanalizuoti rezultatus. Programinės įrangos sistemą galima prijungti prie PGR analizatoriaus per USB, nuoseklųjį prievadą ar tinklą ir pateikiami grafinės sąsajos ir duomenų analizės įrankiai.
Mėginių ėmimo sistema: mėginių ėmimo sistema naudojama PGR reakcijos sistemai įkelti ir maišyti. Paprastai mėginių ėmimo sistema gali automatiškai įkelti mėginius ir kitus junginius, tokius kaip pradmenys ir fermentai, ir sumaišyti ir išpilti juos prieš pradedant reakciją. Mėginių ėmimo sistema gali pasiekti mėginių pakrovimą ir išpylimą per vamzdžius, švirkštus ar kitas priemones.
Grandinės sistema: grandinės sistema naudojama PGR analizatoriaus veikimo būklei valdyti ir stebėti, įskaitant temperatūrą, laiką, fluorescencijos intensyvumą ir kitus parametrus. Grandinių sistemą gali įgyvendinti mikrovaldiklis, skaitmeninio signalo procesorius ar kiti elektroniniai komponentai.
Mechaninė sistema: Mechaninė sistema naudojama perkelti, sureguliuoti ir valdyti PGR analizatoriaus mechanines dalis, tokias kaip šiluminis ciklas, optinė sistema ir mėginių ėmimo sistema. Mechaninę sistemą galima įdiegti perdavimo sistema, pavaros sistema ir jutiklių sistema.